Донецький християнський університет був заснований в 1991 році місіонерським суспільством "Світло Євангелія" за допомогою семінарії Денвера (Колорадо, США). На початку школа носила назву Донецький біблейський коледж. Процесом придбання і ремонту приміщень під коледж керував директор Донецького відділення СЄ (тепер місія «Світло Воскресіння») Леонід Картавенко.

На першому етапі Біблейський коледж мав тільки однорічну програму з підготовки місіонерів, яка була створена спільними зусиллями професора семінарії Денвера Раймонда Пригодіча і правлінням місіонерського суспільства «Світло Євангелія». Програма була розрахована на підготовку широкопрофільного працівника, який може і почати роботу зі створення нової помісної церкви і розвивати її на перших етапах зростання. Восени 1991 року в Донецькому Біблейському коледжі своє навчання почали 56 студентів з різних регіонів колишнього Радянського Союзу. Першим керівником школи тоді став Олексій Мельничук. Так він пропрацював до 2002 року.

Перші два роки в школі здійснювалася тільки однорічна інтенсивна місіонерська підготовка. У 1993 р. була розпочата трирічна програма "Бакалавр богослов'я". У цьому ж році Донецький Біблейський коледж зареєстрований як громадська організація - Донецький християнський університет.

У 1997 році ДХУ перереєстрований як релігійна організація, що має офіційними засновниками одночасно два союзи: Всеукраїнський Союз Об'єднань Євангельських християн-баптистів і Братерство Незалежних Церков і Місій ЄХБ України. Найвищим органом управління університету стає Рада Опікунів.

У 1997 році програма "Бакалавр богослов'я" була перетворена в чотирирічну, а також була додана трирічна програма "Бакалавр місіології".

Весною 2002 року Рада Опікунів пропонує на посаду ректора ДХУ нову кандидатуру - Сергія Рибікова. Під його керівництвом університет продовжує пошук нових можливостей для підвищення ефективності свого служіння до цього часу.

У 2003 році відкрилася нова програма «Бакалавр церковного служіння» очно-заочної форми.

У 2006-му році в допомогу помісними церквям були відкриті і продовжують працювати дві сертифікатні програми: «Школа проповідників» і "Прямуючи за Великим Учителем" (програма для підготовки вчителів недільних шкіл).

У вересні 2006-го року в м. Балаклея (Харківська обл.) спільно з церквою ЄХБ «Світло Євангелія» університет відкрив очно-заочну програму "Основи богослов'я та місії". У травні 2008 року відбувся перший випуск цієї програми.

У 2007 навчальному році учбова частина університету об'єднала програми "Бакалавр богослов'я", "Бакалавр місіології" та "Бакалавр церковного служіння" в одну програму "Бакалавр" зі спеціалізаціями у відповідних областях.

У 2008 році в університеті відкрито дві нові програми: «Бакалавр соціальної роботи» та «Основи християнського світогляду».

В даний час університет продовжує своє служіння і будує плани про подальший розвиток. У зв'язку з цим в ДХУ працює комітет зі стратегічного планування розвитку університету на найближчі 13 років («Стратегія -2020»).

Крім цього, на базі університету створена робоча група, що займається дослідженням по відкриттю в університеті гуманітарного факультету. Надалі планується отримання державної ліцензії і акредитації. Попередня дата відкриття факультету - 1 вересня 2009 року.